紅樹林生態系統是海洋系統、陸地系統、及大氣系統共同作用形成的獨特水文、生物、生態的特殊體系。不同於海洋系統也與陸地系統有很大的不同，以紅樹林植物為主的海 陸交界體系的獨特濕地生態系統。依據王文卿、王瑁（2006）紅樹林特殊性具有高開放性、高敏感性、高生產力、高循環率、高分解率、高生物多樣性、及獨特的食物網結構。

一、高開放性
        紅樹林是生態系統開放性最高，其特殊地理位置，而潮汐作用是紅樹林生態系統高開放性的主要因素。由於陸地生態與海洋生態的相互作用，出現一個不同於水域也不同於陸地的地的生態交錯帶。紅樹林不止受到陸地生態的變化影響，也受到海洋生態的影響。處於地球的大氣圈、水圈、岩石圈、土壤圈生物圈的交會地帶，因此其物質的流動、能量的流動既有開放性與迅速性。

二、高敏感性
       以整個地球生態性宏觀的角度來檢視紅樹林生態，紅樹林生態地處海陸交界，是一個非常脆弱而敏感的生態系統。地球的暖化、海平面變化、人類等因素，都會使紅樹林生態系統產生重大的影響，顯現出紅樹林生態系的脆弱性、不穩定性。紅樹林生態系統其主體為紅樹林為基礎，組成紅樹林的種類很少，紅樹林的植物群落結構非常簡單，由於單一的生態環境模式影響紅樹林植物物種遺傳的分化，以致於紅樹林種類的多樣性並不高，環境發生變化的適應能力有限，紅樹林生態系統比陸地的森林生態系統更脆弱。

三、高生產力、高循環率、高分解率
        紅樹林是河口、海灣生態系統木本植物群落主要植物，具有非常高的淨初級生產力。紅樹林生態初級生產力遠高於緯度的森林，也高於熱帶雨林。生產力是外海的20倍、普通海岸的10倍、中上游河流的3．3倍。紅樹林的初級生產力又是河口海灣中最高的（Mclusky，1981)。與森林生態系統不同，紅樹林把淨初級生產力的很大一部分(夠40%)以枯枝落葉凋落的方式返回紅樹林地，而一般 陸地森林凋落物不超25%。紅樹林具有高溫、高濕、的交互作用及潮水作用，使落葉能夠迅速分解成有機碎屑及可溶性的有機物，有利於浮游生物、底棲生物提供大量的食物來源。

四、高生物多樣性
        相對於陸地的植物種類，紅樹林的種類相對的少很多。大數紅樹林生長區紅樹林的種類數量不多，紅樹林內部結構相對的比較單純，在印度洋、太平洋沿岸，紅樹林的種類也只有40種，而在西半球只能找到夠8種。張雅芝(1999)發現，紅樹林生態系共有夠2300種生物(不包括微生物和浮游動物)。以中國黃海、京海、南海及渤海470萬平方公里的有海洋生物20278種，而紅樹林面積830平方公里的紅樹林生物種類超過2300種，紅樹林單位面積的生物密度是海洋生態系642倍。

五、獨特的食物網結構
        紅樹林植物的落葉大部分含有單寧的特性，對於紅樹林區的生物直接的可食性不高，紅樹林植物並非直接供應動物啃食將能量傳遞下去，在紅樹林區的動物直接的啃食率不到10%，絕大部分是經過泥土中的微生物將落葉分解，分解後的有機碎屑被底棲生物所攝食，這些生物又被高層的消費者所攝食，形成獨特的食物網。